Сюжет «S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо» переносит игроков за год до событий оригинальной игры S.T.A.L.K.E.R, а именно в 2011 год.
Группа сталкеров впервые смогла подобраться к самому сердцу Зоны - Чернобыльской АЭС, сS.T.A.L.K.E.R.: Clear Skyпровоцировав катаклизм,
который едва не привел к величайшей катастрофе. Огромнейший выброс аномальной энергии полностью изменяет карту ранее существовавшей Зоны. Проверенных и относительно безопасных дорог больше не существует. Целые локации теперь пропадают в сполохах аномалий. Уже не только Сталкеры, но и даже целые экспедиции стали гибнуть или оказываться запертыми на пропавших территориях. Новые территории, о которых никто ничего не знал, со времени существования Зоны, начали появляться на карте. Зону по прежнему сотрясают выбросы аномалий и различные радио - вещества. Зона стала нестабильной. Аномальная активность достигает максимальной отметки. Изменения известной сталкерам карты Зоны нарушает хрупкий баланс сил Зоны. Между группировками разгорается кровопролитная вражда за удержание различных территорий, полей с артефактами и сфер влияния. Больше нет старых врагов или старых друзей – теперь каждый сам ведет свою собственную войну за выживание. В свою очередь, между фракциями началась жестокая война группировок.
Главный герой – наемник, который волей судьбы оказался в эпицентре противостояния между фракциями сталкеров, Стрелком и даже самой Зоной. Главному герою предстоит сыграть ключевую роль в тех событиях, которые привели историю Зоны туда, откуда начинается оригинальная игра S.T.A.L.K.E.R.
Что же ожидает сталкеров в запретных глубинах Зоны? Какие опасности ожидают их на новых территориях? Почему выбросы постоянно сотрясают Зону? Каким образом изменилась территория Зоны? Как противостоять ее нестабильности? Какая фракция одержит победу в войне между группировками? Почему Стрелок попал в грузовик смерти? На весь этот перечень вопросов вы сможете найти ответ в «S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо».
Особенности:
* Отображение атмосферы Зоны Отчуждения.
* Исследования новых локаций Зоны – Рыжий лес, Лиманск, Подземелья Припяти и множество других.
* Беспощадная Война Группировок.
* Возможность играть за любую группировку и привести ее к победе.
* Переделанная и полностью доработанная система симуляции жизни.
* Разнообразное поведение сталкеров.
* Новый уровень зрелищности сюжетных линий и сцен.
* Улучшенный ИИ противников.
* Динамические препятствия не будут помехой для компьютерных персонажей, поскольку они научились их обходить.
* Использование гранат NPC.
* Доступна опция - Fast Travel.S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky 
* Доработанная концепция детекторов, артефактов и аномалий.
* Новая система усовершенствования оружия и брони.
* Добавлен ремонт оружия и брони.
* Переработанный HUD и PDA.
* Новая версия игрового движка X-Ray 1.5.
* DirectX 10.
* Доработанный DirectX 9 рэндер - parallax bump, soft particles, depth of field, motion blur, eye adaptation effect.
* Технологичная и детализированная игровая графика (normal map)
* Инверсная кинематика.
* Новый анимационный движок
